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Jun 17, 2023

国内のマラリア種におけるマイクロバイオームの多様性と疫学の関係

Scientific Reports volume 13、記事番号: 9081 (2023) この記事を引用

3 オルトメトリック

メトリクスの詳細

蚊の微生物叢は、蚊の行動と媒介能力に重要な役割を果たしています。 彼らのマイクロバイオームの構成は、環境、特に生息地の影響を強く受けます。 韓国のマラリア高流行地域と低流行地域の雌成虫ハマダラカ蚊のマイクロバイオームプロファイルを、16S rRNA Illumina シーケンスを使用して比較しました。 さまざまな疫学グループにおいて、アルファおよびベータ多様性分析は重要でした。 主要な細菌門はプロテオバクテリアでした。 高流行性蚊のマイクロバイオームで最も豊富な種は、ブドウ球菌属、エルウィニア属、セラチア属、およびパントエア属でした。 特に、低風土病地域ではシュードモナス・シンクサンタの優勢を特徴とする明確なマイクロバイオームプロファイルが確認され、マイクロバイオームプロファイルとマラリア症例発生率との間に潜在的な相関関係があることが示唆された。

マラリアは、蚊とヒトに感染する寄生原虫である Plasmodium によって引き起こされ、Plasmodium に感染したハマダラカに刺されることによって宿主である哺乳類に感染を広げます1。 現在、マラリアに対する Mosquirix などのワクチンが一般に提供されています2。 ただし、ワクチンの経済的コストを依然として考慮する必要があります。 その後、ほとんどの介入の取り組みは、通常は化学殺虫剤を使用して蚊の個体数を制御することに焦点を当てています。 いくつかの化学殺虫剤の乱用により、蚊の集団に耐性が生じ3、蚊のマイクロバイオームの操作を含む代替の蚊制御戦略の使用が必要になりました4、5、6。

マイクロバイオームは、宿主と相互作用する共生細菌、共生細菌、および病原性細菌の生態系です7。 自然宿主としての蚊には、細菌、真菌、ウイルスなどの多様な微生物も含まれています8。 これらの中で、細菌は蚊と継続的に相互作用しており 9、10、11 、宿主の蚊の栄養、発達、免疫、行動に影響を与えます。 たとえば、細菌の内部共生生物である Wolbachia pipientis の感染は、多くのアルボウイルス感染を防ぎます 12,13。 実際、ネッタイシマカ集団へのボルバキア・ピピエンティスのwMel株の導入は、症候性デング熱の発生率およびデング熱による入院症例の減少に効果的であることが判明した14。 さらに、Chromobacterium sp. 曝露は幼虫と成虫の高い死亡率を引き起こし、マラリアやデング熱感染に対する蚊の感受性を低下させます15。これは、蚊の特定の微生物叢が疾患感染に対する感受性を変化させる可能性があることを示唆しています16。

生理学的相互作用に加えて、自然の生息地から収集された蚊の細菌組成は、地理的起源と生態によって大きく異なります17、18、19、20。 最近、野外で収集されたハマダラカ属の蚊により、群落構成における蚊間の不均一性がより高いレベルで明らかになりました 21。 しかし、地域のマラリア発生率とマイクロバイオームプロファイルとの関係についての徹底的な調査はまだ行われていません。 この研究は、大韓民国(韓国)のマラリア流行地域と非マラリア地域から収集したハマダラカ蚊のマイクロバイオームプロファイルの比較分析を示しています。 韓国における三日熱マラリア原虫は、1979 年に世界保健機関 (WHO) によって正式に根絶されました 22。しかし、北朝鮮との国境にある地域では 1993 年にマラリアが再発生し、毎年 300 ~ 500 人のマラリア症例が報告されています 23。 マラリア症例の再発生が特定の自然生息地や北部地域からのマラリア流行地域からの長距離移動に起因するかどうかは、まだ解明されていない。 国境地域でのマラリアの発生率は、医療へのアクセスが制限されていること、疎外されたグループ(一般に国境地域に住んでいる)が治療を求める傾向、アクセスが困難な地域の人々に予防策を配布することが難しいことなどの要因により、他の地域よりも高い24。 。 国境地域でマラリアを根絶することは困難ですが、新たな輸入や再導入の発生源を見つけるには監視の強化が鍵となります。 したがって、マラリアの発生を監視するには、さまざまな地域の蚊のマイクロバイオームプロファイルパターンを比較および分析する必要があります。 したがって、この研究の焦点は、メスのアンにおける微生物の多様性の同定にあります。 マラリア非流行地域または低流行地域、および散発的なマラリア症例が報告された高流行地域からのシネンシス蚊。 この研究では、メタゲノミクス分析を使用して、An. マラリア流行地域のシネンシスは、独特のマイクロバイオームプロファイルを持っています。

総勢60名の成人女性アン。 sinensis 蚊は、韓国全土の 12 の異なる地域から収集されました (地域ごとに 5 つの蚊サンプル) (図 1)。 各蚊から中腸と唾液腺を解剖し、DNAを抽出しました。 合計 1,936,902 のシーケンスが 24 のサンプルから生成されました。 生のシーケンスリードの平均数は 80,704 でした (29,566 ~ 97,799 リードの間)。

蚊の収集場所 蚊の収集場所は、マラリアの発生率に基づいて選択されました。 100,000 人あたりのマラリア患者数を使用して、高風土病地域 (HyperE) と低風土病地域 (HypoE) を分割しました。 収集場所はマラリア患者の統計を利用して決定されました。 各地域の生態学的分析が行われていないため、この分析では生息地や生態系が不適切に説明されている可能性があります。 低流行地域 1 と 2 は、蚊のマイクロバイオームプロファイルの地理的特徴ではなく疫学の影響を評価するために、マラリアが発生していない場所のうち高流行地域に近い地域として選択されました (HyperE-1: 348-19、大麻里妙庄路)江原道鉄原郡鉄原邑 HyperE-2:江原道楊口郡南面グアム里439-3 HyperE-3:新西市大光里道大路12番ギル31京畿道漣川郡面 HyperE-4:JSA 京畿道坡州市軍内面常山里大城洞公務員クラス HyperE-5:白京里統一村ギル119京畿道坡州市群内面 HyperE-6:仁川広域市江華郡三山面石森三山北路437番ギル10 HyperE-7:江華道月串里ヨンミジョンギル134仁川広域市江華郡邑 HyperE-8: 京畿道金浦市大串面栗生路83-23 HypoE-1: 564 仁川市西区青羅洞 HypoE-2: 283 -京畿道驪州市北内面新釈里2 調査E-3: 慶尚北道尚州市仙養里山110 調査E-4: 順天市鶴東ギル36全羅南道)。

その後、アルファ多様性の指標が評価されました。 (補足情報1)。 アルファ多様性を使用して微生物群集を分析しました。 シャノン指数は、アルファ多様性を測定するために使用されました。 シャノン多様性指数が最も高かったのは低流行性の 3 中腸 (M) (3.27)、次いで高流行性の 6M (2.32)、低流行性の 2 唾液腺 (S) (2.29) でした。 すべてのシャノン多様性評価サンプルのアルファ多様性は、臓器および疫学によって分析されました (図 2)。 高風土病地域と低風土病地域の間には有意な差があった。

An のマイクロバイオームのペアワイズ アルファ多様性比較。 さまざまなタイプの (A) 臓器と (B) 疫学からのシネンシス。 高風土病地域と低風土病地域におけるシャノンの多様性を比較すると、有意な差が明らかになりました (H = 10.53、p 値 = 0.001、q 値 = 0.001)。 これらの比較 (q 値) を行うために、Benjamini-Hochberg FDR 補正を伴う Kruskal-Wallis 検定が使用されました。 有意水準は \(\hbox {q}<0.05\) に設定され、n = 処理されたサンプル数、各プールには 5 匹の個別の蚊が含まれています。

蚊のマイクロバイオームプロファイルは、各地域および器官の門および属レベルで示されました(図3)。 最も優勢なものはプロテオバクテリア(74.52%)で、続いてファーミクテス属(14.67%)、アクチノバクテリア属(5.65%)、バクテロイデス属(2.57%)でした(図3A、B、補足情報2)。 これら 4 つの門は、大部分のサンプルで合計 OTU の 96 ~ 99% を占めました (補足情報 2)。 ただし、スピロヘータ (31.1%) は高風土病の 8M で高い割合で見つかりました (補足情報 2)。 ファーミキューテスは、高流行地域 1M、1S、高流行地域 3M、3S、高流行地域 7S で他の地域に比べて高い割合で見つかりました(図 3A、補足情報 2)。 バクテロイデスは、他の地域よりも高流行性の 1S、2S、および 4S でより蔓延していることが観察されました(図 3A、補足情報 2)。

属レベルのデータを分析して、すべての蚊のサンプルに存在する細菌の操作分類単位 (OTU) を特定しました。 (図 3C、D、補足情報 3)。 合計 51 の属が見つかりました。最も豊富な 5 つの細菌属 (平均存在量) は、シュードモナス (29.22%)、ブドウ球菌 (10.5%)、エルウィニア (9.37%)、セラチア (6.91%)、およびアシネトバクター (6.7%) でした (図. 3C、D、補足情報 3)。 マイクロバイオームプロファイルの変動は、高流行地域内のさまざまな地域で観察されました。 北の境界に最も近い高流行地域 1 では、他の地域よりもブドウ球菌の比率が高かった (図 1、3、補足情報 3)。 ブレビバクテリウムは高流行地域 1S で大量に見つかりましたが、このマイクロバイオームは高流行地域 6S を除く他の地域では見つかりませんでした。 また、高流行地域 1 に最も近い地域である高流行地域 3 では、ブドウ球菌が他の地域よりも高い割合で検出されました。高流行地域 3 では、エルウィニアと腸内細菌科 uc がマイクロバイオーム プロファイルの大半を占めています。 エルウィニアは高流行地域 4M および 7M でも高い割合で観察されました。 近距離地域であるにもかかわらず、高流行地域 4 と 5 は明確なマイクロバイオーム プロファイルを示し、臓器間にも大きな違いがありました。 アシネトバクターが高流行地域 4S のマイクロバイオームで優勢であり、次にクリセオバクテリウム、エルウィニア、シュードモナスが続きました。 高流行地域 5M のマイクロバイオーム プロファイルでは、Enterobacteriaceae_uc が大半を占め、続いて Serratia が続きました。 アシネトバクターが高流行地域 5S のマイクロバイオーム プロファイルで優勢であり、アルコバクターとパントエアがそれに続きました。 高流行地域 6 では、中腸および唾液腺は、セラチア属とギブシエラ属が優勢なマイクロバイオーム プロファイルを持っていました。 高流行地域 7 のマイクロバイオーム プロファイルは臓器によって異なりました。 高流行地域 7M では Pantoea と Erwinia が優勢でしたが、高流行地域 7S では Staphylococcus と Asaia が優勢でした。 高流行地域 8S では、アルコバクターが優勢な独特のマイクロバイオーム プロファイルが示されました。 高風土病地域の 8M および 2M には、低風土病地域と同様のマイクロバイオームがありました。 すべての低風土病地域のマイクロバイオーム プロファイルでは、シュードモナス属が優勢でした (補足情報 3)。

門および属レベルでのハマダラカ成虫のマイクロバイオーム プロファイル。 左側のバーのプロットは、高風土病領域 (A: 門レベル、C: 属レベル) と低風土病領域 (B: 門レベル、D: 属レベル) に分けられる 12 の地域から収集された雌成虫ハマダラカ蚊のマイクロバイオーム プロファイルを表します。 各バーは、プールされたサンプルの臓器および領域別のマイクロバイオーム プロファイルを表します (M: 中腸、S: 唾液腺)。 右側のバーのプロットは、すべての領域の平均を表します。

種レベルでは、Pseudomonas synxantha (24.54%) が優勢で、続いて Serratia ficaria (6.52%)、Acinetobacter soli (6.12%)、Arcobacter butzleri (4.89%)、Staphylococcus aureus (4.46%)、Pantoea agglomerans (3.7%)、 Erwinia persicina (3.4%) (補足情報 4)。 高度風土病地域では、属レベルと同様に、高度風土病地域の各地域によって明確なマイクロバイオームプロファイルが異なりました(補足情報 4)。 この調査は、種レベルで特定の地域にのみ見られる種である種バイオマーカーを特定することに焦点を当てました (表 1)。 高流行地域 1、3、4、6、7、8 は有意な値を示しました。 各地域のマイクロバイオーム プロファイルでは、セラチア フィカリア、ブドウ球菌、エルウィニア ペルシシナ、黄色ブドウ球菌、アルコバクター ブツレリ、エルウィニア イニエクタなどの領域特異的なマイクロバイオームが優勢でした。

まず、中腸および唾液腺のマイクロバイオームの平均値を全地域で比較しました(補足情報 3)。 唾液腺マイクロバイオームのプロファイルは、シュードモナス属 (29.32%)、アシネトバクター属 (12.33%)、ブドウ球菌属 (12.1%)、アルコバクター属 (9.55%)、およびセラチア属 (5.21%) で構成されていました。 中腸微生物叢のプロファイルは、シュードモナス属 (29.11%)、エルウィニア属 (14.81%)、ブドウ球菌属 (8.89%)、セラチア属 (8.61%)、およびパントエア属 (6.03%) で構成されていました (補足情報 3)。 中腸および唾液腺のマイクロバイオームプロファイルは、サンプル中のそれらの存在の有無に基づいて評価されました(図4)。

(A) 器官別の共通属のベン図分析 (B) 中腸のマイクロバイオーム プロファイル (C) 唾液腺。 中腸と唾液腺に共通する微生物叢は 21 種類あり、臓器固有の微生物叢はそれぞれ 20 種類と 10 種類あります。 両方の臓器に共通するマイクロバイオームの割合は高く、唾液腺における臓器特異的マイクロバイオームの中でその割合が 5% を超えたのはアルコバクターのみでした。 アシネトバクターでは、統計的に有意な差がありました (ウィルコクソン順位和検定、\(\textit{p}<0.05\))。

両方の臓器において、一般的に見られる21属が蔓延しており、中腸マイクロバイオームには唾液腺(10属、図4A)よりも臓器特異的な分類群(20属)が多く含まれていることが判明した。 Arcobacter、Brevibacterium、Chryseobacterium、Asaia、Enterobacteriaceae などの臓器特異的な微生物叢が同定されましたが、統計的に有意な差があるのは Acinetobacter のみです (図 4B、C)。 次に、高流行地域と低流行地域に分けて臓器別の違いを比較しました。 中腸および唾液腺における優勢なマイクロバイオームは、高流行性第6地域(セラチア)およびすべての低流行性地域(シュードモナス)で同じでした(表2)。 しかし、中腸および唾液腺を支配するマイクロバイオームは、高流行地域では異なっていました (2-7) (表 2)。 例えば、高流行地域 1 ではブドウ球菌とブレビバクテリウム、高流行地域 2 ではシュードモナス属とアシネトバクターが、それぞれ中腸と唾液腺で優勢でした (表 2)。

データは患者の発生率に基づいてさらに比較され、高流行地域と低流行地域の間の分割が可能になりました。 疫学に基づいたアルファとベータの多様性分析には有意な差がありました (表 3、図 2、6)。 高風土病領域と低風土病領域は、データセット間の相違性を評価する Jaccard 距離を使用した PERMANOVA 分析で有意でした (表 3)。 さらに、どちらの地域でも、生態系内の種の数(豊富さ)と相対的な存在量(均一性)の尺度であるシャノン多様性指数が有意でした(図2)。

(A) 疫学による共通属のベン図分析。 (B) 高風土病地域および(C) 低風土病地域のマイクロバイオーム平均プロファイル。 低流行地域と高流行地域の蚊は 11 の微生物叢を共有しており、それぞれで 23 と 17 の固有の微生物叢が確認されています。 シュードモナスは両方の地域で観察されており、低流行地域でより蔓延しています。 高流行地域ではブドウ球菌の有病率が最も高く、エルウィニア、シュードモナス、セラチア、アシネトバクター、アルコバクター、パントエアがそれに続いた。 シュードモナス属とパントエア属は統計的に有意な微生物叢でした。

両方の地域では、主にシュードモナス属とアシネトバクター属を中心とした 11 の微生物叢が共有されていました。 実施された分析によると、高流行地域の蚊は 17 の固有の分類群を示し、それらはブドウ球菌 (15.56%)、エルウィニア (14.05%)、シュードモナス (10.46%)、セラチア (10.25%)、アシネトバクター (9.48%) が大半を占めていました (図.5)。 低風土病地域では、シュードモナス属 (66.73%) がマイクロバイオーム プロファイルの大半を占め、次にアナエロバチルス属 (4.49%) が続きます (図 5B)。 高風土病地域と低風土病地域のマイクロバイオームプロファイルには、シュードモナス属とパントエア属で大きな違いがあります (図 5B、C)。 パントエアは高流行地域でのみ観察されました (図 5B、C)。 シュードモナス属は高風土病地域では低い割合で見られましたが、低風土病地域では優勢でした(図5B、C)。

主調整分析(PCoA)分析では、疫学と収集場所に応じて微生物群集に大きなばらつきがあることが示されました(図6)。 グラフでは、グラフの低流行地域のサンプルに近い高流行地域 2-M を除いて、高流行地域と低流行地域は異なるパターンを示しました。 低流行地域のサンプルは地域に関係なくクラスター化されていましたが、高流行地域のサンプルは地域ごとにクラスター化パターンがありました。 高流行地域では、3つのクラスター化が確認されました(グループ1:1M、1S、3M、3S、7M、7S、8M、8S、グループ2:5M、6M、6S、グループ3:2S、4M、4S、5S)(図6)。 グループ 1 はエルウィニア、シュードモナス、ブドウ球菌を共有し、グループ 2 はメチロバクテリウム、セラチア、ギブシエラを共有しました。 グループ 3 はシュードモナス、アシネトバクター、パントエア、クリセオバクテリウムを共有しました (補足情報 3)。

疫学および臓器に応じた成人女性ハマダラカの微生物叢の多様性の 3D 主調整分析 (PCoA) プロット この図は、複数の角度範囲で撮影された画像を示しています。 PCoA プロットは、領域間の距離が相対存在量 (Bray-Curtis) の観点からの非類似性に基づいて推定されるグラフです。 高流行地域からのサンプルは低流行地域からのサンプルよりも遠くまで広がっているのに対し、低流行地域からのサンプルは互いに接近していることがわかります。

マイクロバイオーム自体の定義は、最近、宿主と相互作用する微生物から、生物学、長寿、行動、栄養、免疫に影響を与える環境および宿主7に関連する微生物叢とその遺伝子産物の全体にまで拡大されました25、26、27。 宿主の微生物叢は共進化し、宿主の健康に継続的に影響を与える可能性があります8。 食物摂取や創傷侵入など、微生物叢が獲得される可能性のある環境はいくつかあります。 その結果、宿主の生息地は蚊のマイクロバイオームに影響を与える可能性があり、地域の環境要因に基づいて変化する可能性があります27。 この研究は、マラリア発生率が高流行地域と低流行地域の間で蚊のマイクロバイオームプロファイルに有意な差があるかどうかを調査することを目的としました。 この研究の主な目的は、マラリアの発生率に関与するさまざまな流行地域における微生物種バイオマーカーを特定することでした。 今回の研究は、マラリアの高流行地域と低流行地域で収集された蚊のマイクロバイオームプロファイルが、属と種のレベルで異なるパターンに分けられたことを実証している。 高流行地域の蚊には、セラチア属、ブドウ球菌、エルウィニア属、エンテロバクター属、アルコバクター属などの地域固有のマイクロバイオームが含まれていましたが、低流行地域ではシュードモナス属が優勢であり、地域固有のバイオマーカーでマラリアの発生率を分析できることが示唆されています。 注目すべきことに、我々の調査結果は、高流行地域間の空間的距離が低流行地域よりも近いにもかかわらず、低流行地域に比べて高流行地域の方がマイクロバイオームプロファイルの不均一性が高いことを明らかにした。 韓国におけるマラリア発生率は、2016 年に 5,000 人を超える患者のマラリア症例が報告された北朝鮮などのマラリア流行地帯の北側国境地域に関連している可能性があることが示唆されています28。人間の移動、国境を越えた人口移動、生態学的変化の結果として、および媒介個体群動態により、国境マラリアは一部の伝播ゾーンで頻繁に発生します29。 タイとミャンマーおよびタイとカンボジアの国境でのマラリアの発生は典型的な国境発生であり、それらは絶え間ない人口移動、マラリア患者の移動、自己治療の乱用、ハマダラカ媒介動物の管理と監視の制限によって引き起こされます29。 アフリカでは、人の移住やダム建設などの地理的変化により、特にサハラ以南の砂漠地域でマラリアの発生パターンが広範囲に広がっているが、韓国におけるマラリアの伝播は特に北部の国境地域に限定されている30。 これは、韓国の北部国境地域における人間の移動の制限を考慮すると、北朝鮮から移動する感染した蚊が韓国でのマラリア発生の主要な要因の1つである可能性があることを示唆しています。 したがって、DMZ北方の高地で移動蚊を収集するための空中網法などの研究を利用して、高流行地域におけるマラリア蚊とそのマイクロバイオームの独自性を追跡することが重要であり、これは韓国におけるマラリア撲滅に役立つ可能性がある31。

高風土病地域と低風土病地域のマイクロバイオームには高い非類似性があります (図 6)。 それにもかかわらず、この研究は、高流行地域内の蚊マイクロバイオームの地域的変動を包括的に理解する上で、一定の限界に直面している。 高風土病の 2-M サンプルは高風土病地域から収集されたものですが、低風土病地域から収集されたサンプルに見られるものと同様のマイクロバイオームを持っていました。 さらに、高流行地域からのサンプルでは 3 つのクラスター化が示されましたが、これは各地域間の距離と強く関係しているようには見えませんでした。 地域ごとの変動を理解するには、蚊が収集された地域の環境(蚊の水生生息地、血液源など)、および蚊がマラリア原虫に感染しているかどうかに関するさらなる詳細が必要となる。

興味深いことに、我々の研究は、シュードモナスが高風土病地域と低風土病地域の蚊のマイクロバイオームプロファイルで大きく異なることを示しており、低風土病地域ではシュードモナス属が優勢であることを示しています。 シュードモナス属はハマダラカ属の蚊の腸内細菌叢に一般的に見られ、シュードモナス属がハマダラカ属の蚊の中腸環境に効率的に適応できることが示されています。 さらに、以前の研究では、シュードモナス属がマラリア原虫陰性グループで最も蔓延している微生物叢であり 36、マラリア原虫の侵入から蚊を保護していることが特定されています 37。 興味深いことに、私たちの研究では、高流行地域におけるマイクロバイオームプロファイルにおけるシュードモナス属の個体群の割合が低いことが示されており、マラリア原虫などのマイクロバイオームのバランスを乱す要因が存在する可能性があることが示されています。 Pseudomonas synxantha は、結核を引き起こす Mycobacterium tuberculosis 38 の増殖を阻害することが報告されていますが、蚊における Pseudomonas synxantha の役割についてはほとんど知られていません。 そうは言っても、私たちの研究では、低風土病地域で最も優勢なマイクロバイオームであるシュードモナスの機能を解明することは興味深いでしょう。 私たちの研究のもう一つの焦点は、韓国におけるマラリア発生の異なる風土病地域に特有の種バイオマーカーの同定でした。 したがって、蚊のマイクロバイオームの時空間パターンに関するさらなる研究は、マラリアの発生率と一致するマイクロバイオームの季節変動を決定し、他の場所からの蚊の移動を追跡するために重要である可能性があります。

蚊の中腸と唾液腺の主な機能はさまざまな栄養素を消化することですが、これらの器官は腸関連微生物叢の増殖39,40と蚊が媒介する病気の病原体伝播にとって重要です41,42,43,44。 マラリア原虫の伝播は、中腸での原虫の増殖の維持と、唾液腺での毒性のスポロゾイト段階の最高潮に依存します45。 したがって、この研究の高流行地域の各地域で特定されたブドウ球菌、エルウィニア、腸内細菌科、セラチア、パントエア、アシネトバクターなどの地域特異的マイクロバイオームは、マラリア原虫と相互作用する潜在的な役割を持っています。 Serratia marcescens は、An における三日熱マラリア原虫の胞子形成を阻害することが知られています。 albimanus46 および Acinetobacter 種は An の耐性を高めます。 ガンビエからマラリア原虫への発生は、部分的には Imd 経路における抗マラリア原虫因子の誘導によって行われます 47。 したがって、マラリア伝染の影響に対する高流行地域におけるこれらの地域固有の微生物叢の潜在的な役割はまだ調査されていない。 寄生虫の発生に対する微生物叢の影響に加えて、微生物叢は宿主の行動を調節し、それによって媒介能力を高めることが知られています。 マイクロバイオーム-腸-脳-軸のコミュニケーションは、特定のマイクロバイオームから分泌される特定の神経ペプチドによって蚊の感覚認識能力と吸血行動を変化させる可能性があることが報告されています48。 マラリア原虫に感染した蚊はより強力な吸血行動を示し、咬傷回数が増加し、人間の宿主を正確に発見できるようになります49。これは、改変された微生物叢群落におけるマイクロバイオーム - 腸 - 脳 - 軸のコミュニケーションに何らかの変化が存在する可能性を示しています。 興味深いことに、吸血後の蚊の中腸内でのシュードモナス属の急速な増殖は、食欲を抑制するセロトニンの分泌を誘導し、続いて蚊の脳内で神経ペプチド Y (NPY) の分泌を誘導することが実証されています 48,50,51。これは、嗅覚などの感覚感度を調節する上で極めて重要な役割を果たします51。 以前のデータは、神経ペプチドの 1 つであるタキキニンが昆虫の嗅覚経路とインスリン経路も調節することを示しており 52、タキ運動作動性ニューロンの末端と NPY ニューロンの間のシナプス接触がラットの NPY ニューロンの活動を調節している 53 ことから、マイクロバイオームから分泌される神経ペプチドが動物の宿主探索行動を変化させる可能性があることが示唆されています。蚊はこれらの神経経路によって攻撃されます。 まとめると、私たちの研究は、中腸と唾液腺のマイクロバイオーム組成が空間的に動的なパターンを示し、それが韓国におけるマラリアの発生率に影響を与える可能性があるという証拠を提供します。 マイクロバイオームの更なる時空間的変化は、高流行地域におけるマラリア蚊の起源を理解するためのより正確な手がかりを提供するでしょう。 宿主発見行動の調節の根底にある宿主-マイクロバイオーム-寄生虫間のマイクロバイオーム-腸-脳-軸コミュニケーションの分子機構と神経機構を解明することも興味深いであろう。 この研究は、韓国のマラリア流行地域におけるマイクロバイオームのパターンのスナップショットを提供しますが、個々の蚊のマイクロバイオームの正確なパターンと動態を完全に理解するために、蚊サンプル内のマラリア原虫濃度を推定する将来の研究が必要になります。マラリア原虫の胞子とマイクロバイオーム構成の間の相関関係。 その後、韓国と朝鮮半島におけるマラリア蚊のマイクロバイオームパターンが完全に理解されれば、マラリア撲滅プログラムの取り組みが軽減されるでしょう。

ハマダラカの雌成虫は、韓国疾病管理予防センターの支援による気候変動に対する媒介生物監視地域センターの支援により、2020年(6月22日から26日)に韓国の12の農村地域から収集された54。 人口 100,000 人あたりのマラリア感染者数が 1 人を超える場合、収集場所は高流行地域として分類されました。 それ以外の場合は、低流行地域として分類されました (図 1)。 研究地域はマラリア患者の統計を使用して決定されました。 各地域の生態学的分析が行われていないため、この分析では生息地や生態系が不適切に説明されている可能性があります。 蚊は形態学的キーを使用して属に分類され 55、種の同定は DNA バーコード分析に基づく診断 PCR アッセイを使用して確認されました 56。 脚や羽などの蚊の体の部分を 1.5 ml チューブ (Axygen、米国) に移し、その後、メーカーの指示に従って G-spin™ Total DNA Extraction kit (iNtRON's、韓国) を使用して蚊の部分から DNA 抽出を実行しました。 PCRサイクルパラメータには、95℃で3分間の初期変性、95℃で30秒、63℃で30秒、および72℃で2分の35サイクルが含まれた。 72℃で10分間の最終伸長が完了しました。 PCR産物を1.5%アガロースゲルで電気泳動し、紫外線下で視覚化しました。

DNA抽出は、成虫のメスの蚊の中腸と唾液腺を対象としました。 解剖する前に、蚊の表面を 70% エタノールで 1 分間滅菌し、その後 PBS (リン酸緩衝生理食塩水) 中で解剖しました。 解剖実体顕微鏡の作業領域も同様に、解剖中に 70% エタノールで消毒しました。 中腸と唾液腺をプールし(各サンプルは 5 匹の蚊で構成)、-80 °C で保存しました。 全ゲノム DNA は、製造元の推奨に従って Power 土壌キット (Qiagen、ドイツ) を使用して無菌条件下で抽出されました。 サンプルは、DNA の品質と量をチェックした後、16S メタゲノミクス分析に使用されました。 アンプリコンに基づいた 2 つの 16S rRNA タグ付きライブラリーが作成されました。

すべてのサンプルについて、National Instrumentation Center for Environmental Management (NICEM、韓国) が PCR 増幅、サンプル処理、および 16S rRNA 遺伝子配列決定を実行しました (www.nicem.snu.ac.kr)。 サンプルは、2 × KAPA HiFi HotStart ReadyMix (Roche、スイス) と 16S rRNA 遺伝子の V3 ~ V4 領域のプライマーを使用して増幅されました (補足情報 5)。 PCR 条件は次のとおりです: 96 °C で 3 分間、次に 96 °C で 30 秒、55 °C で 30 秒、72 °C で 30 秒を 30 サイクル、最後に 72 °C で 5 分間。 次に、すべての PCR 結果を 1.2% アガロースゲルで実行し、バンドのサイズと強度を決定しました。 Ampure XP ビーズ (Beckman、米国) を使用して、各サンプルから増幅された DNA を精製しました。 DNA の内容と分子量に応じて、サンプルが同量プールされ、イルミナ DNA ライブラリーの作成に利用されました。 次にライブラリーを Illumina MiSeq 実行で配列決定し、2 × 300 bp ペアエンドリードを取得しました。 ペアエンド シーケンシング リードは、「微生物生態学への定量的洞察」を目的として最初に QIIME2 v.2021.1157 パイプラインにインポートされ、パイプラインの v.2021.11 はシーケンシング リードの処理と分析に使用されました。 denoise-paired コマンドは、QIIME 258 の DADA2 プラグインを使用してエラーを修正し、キメラを除去し、ペアエンドリードを統合するために使用されました。生成された配列は、後で細菌の組成と分類分析を比較するために利用されました。 さらに、chunlab 分析パイプライン PKSSU 4.0 DB を使用して、3% の相違 (または 97% の類似性) レベルで配列をグループ化し、配列のノイズを除去して操作分類単位 (OTU) に割り当てました。 OTU に明確にリンクできなかったキメラ配列は除去されました。 分類学的に分類できなかった OTU は「未分類」とラベル付けされ、さらなる分析から除外されました。 門、属、種レベルのデータセットが分析に利用されました。 各レベルで、カウントと比率のデータが均等に提供され、比率のデータが分析に使用されました。 比較のために、比率データは疫学と臓器に再分割されました(補足情報 2 ~ 4)。

門、属、種のレベルで、細菌 OTU の読み取り数と存在量データが評価されました。 値が 1% 未満の低存在度分類群は、「その他の細菌」カテゴリに分類されました。 EzBioCloud 16S データベースは、一部の近縁種には配列の違いがないため制限がありますが、種レベルの同定に最適に実行されるように設計されています。 EzBioCloud 16S DB と高感度バイオインフォマティクス パイプラインを組み合わせることで、マイクロバイオーム データを種レベルで探索できるようになります。

種バイオマーカーを使用して、各採取場所に特有の微生物叢を見つけました。 すべての分析は、EzBioCloud アプリケーションを使用して、「16S ベースのマイクロバイオーム分類学的プロファイル (MTP) - MTP セット用の比較アナライザー - 分類学的バイオマーカーの発見」を使用して実行されました。 全地域のサンプルを含むグループと特定の地域のサンプルのみを含むグループをクラスカル・ウォリス H 検定を使用して比較し、統計的に有意な値を示した微生物叢のうち、最も高い比率を示した 2 つまたは 3 つの微生物叢を種バイオマーカーとして選択しました。 (補足情報6)。

Shannon 多様性、Jaccard、および Bray-Curtis 非類似性指数を使用して、QIIME2 のサンプル内 (アルファ多様性) およびサンプル間 (ベータ多様性) の微生物の多様性を分析しました。 結果として得られた平均シャノン指数が報告され、多重比較のための Benjamini-Hochberg FDR 補正を備えたペアワイズ Kruskal-Wallis 検定を使用してサンプル間で比較されました。 Jaccard および Bray-Curtis の非類似性指数の結果は、FDR 補正を備えた一対の PERMANOVA テスト (999 順列) を使用してサンプル間で比較されました。 上記の統計分析は、EZbiocloud59 (https://www.ezbiocloud.net/) と QIIME260 を使用して実行されました。

この研究から得られたメタゲノム読み取りは、BioProject PRJNA844511 の下で NCBI に寄託されました。 すべての関連データは論文内に含まれるか、提出され、NCBI のパブリック リポジトリで利用可能になります。

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この研究は、韓国疾病予防管理庁 (KDCA; 6332-304-210 および 6331-311-210) の研究基金によって支援されました。 この研究は、仁川国立大学の研究支援プログラム(2021)によって支援されました。 Soon-Won Lee (江原道保健環境研究所)、Bo-Young Jeon (延世大学)、Tong Soo Kim (仁荷大学)、Hyung-Won Lee (江原道保健環境研究所)、Bo-Young Jeon (延世大学)、Hyung- Wook Kwon (仁川大学校)、Doo-Hyung Lee (加川大学校)、Gil-Hah Kim (忠北大学校)、Sung Hoon Jung (忠南大学校)、Yong Seok Lee (順清郷大学校)、Chul Park (光州保健大学校) ), Yeon Soo Han (全南大学校), Hyun Cheol Lim (全羅南道保健環境研究所), Ohseok Kwon (慶北大学校), Young Ho Kim (慶北大学校), Dong-Kyu Lee (甲信大学校), Kwangシク・チェ(慶北大)とヨン・ミン・ユン(済州大)。

仁川国立大学生命科学部、119 Academy-ro, Yeonsu-gu, Incheon, 2012, Republic of Korea

ジョン・ヒョン・リー、ビラル・ムスタファ、クォン・ヒョンウク

昆虫ベクター収束研究センター、119 Academy-ro、Yeonsu-gu、Incheon、2012、大韓民国

ジョン・ヒョン・リー、ビラル・ムスタファ、クォン・ヒョンウク

28159 韓国疾病管理予防庁、ベクターおよび寄生虫病課、187 Osongsaenmyang2-ro, Osong-eup, Heungdeok-gu, Chunbuk, Cheongju, 28159, Republic of Korea

キム・ヒョヌ&イ・ヒイル

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JHL、HIL、HWKwon が実験を設計しました。 JHLとBMは実験、解析、アートワークを実施した。 HWKim はサンプルの収集と DNA 抽出実験を実施しました。 JHL、HWKim、BM、HIL、HWKwon が主な原稿テキストを執筆しました。 著者全員が原稿をレビューしました。

イ・ヒイルまたはクォン・ヒョンウクへの対応。

シュプリンガー ネイチャーは、発行された地図および所属機関における管轄権の主張に関して中立を保ちます。

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転載と許可

Lee、JH、Kim、HW.、Mustafa、B. 他韓国のマラリア媒介蚊の国内種におけるマイクロバイオームの多様性と疫学の関係。 Sci Rep 13、9081 (2023)。 https://doi.org/10.1038/s41598-023-35641-3

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受信日: 2022 年 5 月 6 日

受理日: 2023 年 5 月 21 日

公開日: 2023 年 6 月 5 日

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-35641-3

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